심향사는 금성산 자락에 있는 사찰이며 통일신라시대에 원효가 창건하였다고 전해진다.

절의 창건 당시의 이름은 미륵원이었다고 하는데, 그 뒤 고려시대인 951년에 신왕사로 고쳤다 다시 신황사로 바뀌었다.

심향사가 유명한 것은 고려시대에는 현종 2년 거란군이 침입하자 현종이 이곳 나주로 몽진하였는데, 이때 나라의 평안을 위해 기도를 올렸다고 전해 온다.

신황사로 불렸던 점을 고려해 보면 그 이름에서 암시하듯이 고려 현종의 나주몽진 때 이 절에서 나라의 안녕을 기도하는 대법회에 임금이 참여했을 가능성이 있다.

신황사는 이후 지금의 심향사로 이름이 바뀌었는데, ‘심향’이란 불교에서 팔부중 가운데 하나인 ‘건달바’를 뜻하는데, 오직 향기만을 먹었으므로 심향행이라고도 부른다.

심향사는1976년 8월에 장마로 인해 대웅전인 ‘미륵전’이 무너져 내려 1977년 10월에 복원되었다. 복원작업을 하면서 1789년 작성된 상량문이 발견되었는데, 이 상량문에 「신황사용화전 神皇寺龍華殿」이라고 적혀 있어 당시 절 이름이 신황사였고, 또한 미륵전도 용화전으로 불리었음을 알 수 있었다고 한다.

1982년에는 대웅전을 중건하면서 ‘극락보전’으로 불전 이름을 바꾸었다.